Click to edit Master title style,Edit Master text styles,Second level,Third level,Fourth level,Fifth level,STR,分型原理基础,1,STR分型原理基础1,目 录,01,02,03,04,基本概念,片段分析,等位基因分型,Basic Concepts,Fragment Analysis,Allele Calling,Q&A,2,目 录01020304基本概念片段分析等位基因分型Basi,01,基本概念,Basic Concepts,3,01基本概念Basic Concepts3,01,基本概念,遗传多态性（,genetic polymorphism,）,遗传,亲代传递到子代，,稳定,多态性,不同个体，群体间存在差异，,变化,RFLP,AFLP,VNTR,CNV,STR,SNP,长度多态性,序列多态性,4,01 基本概念遗传多态性（genetic polymorph,01,基本概念,微卫星,（短串联重复序列，,Short Tandom Repeat,）,（简单序列重复，,Simple Sequence Repeat,）,重复单元（,2-7bp,）,Tri-,Tetra-,Penta-,Hexa-,重复次数,基因组中广泛排布，中立,DNA,片段,mono-,di-,完美型 复合型 复杂型,分类,(GATA),n,(GATA),m,（,GATG,）,n,(GATA),3,GTCAG,（,GATA,）,n,5,01 基本概念微卫星重复单元（2-7bp）Tri-Tetra,01,基本概念,位点,/,基因座（,locus/loci,）,SNP,rs,*,STR,D*S,*,6,01 基本概念位点/基因座（locus/loci）SNPST,等位基因（,allele,）,01,基本概念,基因型（,genotype,）,位于一对同源染色体的相同位置上控制着相对性状的一对基因,广义：同源染色体的相同位置上的编码或者非编码的一段,DNA,序列,STR,具有,3,个以上的等位基因，这些等位基因的频率在群体中服从正态分布,STR,的等位基因往往用核心重复单元的重复次数表示。,广义：同源染色体上一对等位基因的总称,7,等位基因（allele）01 基本概念基因型（genotyp,P,olymerase,C,hain,R,eaction,01,基本概念,引物,/,荧光修饰引物,Primer,荧光染料,复合扩增,/,多重,PCR,multiplex,荧光标记复合扩增,分子量内标,size standard,等位基因阶梯物,（,Allelic Ladder,）,扫描时间,/,扫描次数,（,Scan Number,）,吸收某一波长的光波后能够发出大于吸收波长的光波的物质,一小段的,DNA,或者,RNA,，用来提供,DNA,复制的起点,同一,PCR,反应体系里加上二对以上引物，同时扩增出多个核酸片段的,PCR,反应,一组荧光素标记的双链,DNA,片段，用作片段分子中的分子量标准物,包含绝大部分常见等位基因片段的混合物，是,STR,检测试剂盒的重要组成部分，用于,STR,分型时的标准参照物。,毛细管电泳片段分析的专业术语，用来记录目标,DNA,片段到达检测窗口所需要的时间,8,Polymerase Chain Reaction01 基本,02,片段分析,Fragment,Analysis,9,02片段分析Fragment Analysis9,02,片段分析,DNA,分析仪,/,毛细管电泳仪,3730/XL,3,1,30/XL,3,500,/XL,工作原理,Laser,Capillary array,Diffraction,system,CCD,camera,10,02 片段分析DNA分析仪/毛细管电泳仪3730/XL313,02,片段分析,DNA,分析仪,/,毛细管电泳仪可用来做,Sanger,测序和片段分析,Sanger,测序（一代测序）,链终止法,11,02 片段分析DNA分析仪/毛细管电泳仪可用来做Sanger,02,片段分析,片段分析是什么，片段分析能做什么？,12,02 片段分析片段分析是什么，片段分析能做什么？12,02,片段分析,片段分析（,Fragment analysis,FA,）是一种分子生物学技术，这里的片段特指以,DNA,或者,cDNA,为模板，由,PCR,过程所产生的，数目不等的核苷酸构成的大小不等的,DNA,片段，对这些片段，利用其大小或者标记荧光的差异，进行分析的方法。被广泛的应用于医学、环境、农业研究等领域的基因型分型、,DNA,指纹分析、突变检测等。,百度百科,SNP,片段分析,SNaPShot,检测荧光颜色,13,02 片段分析片段分析（Fragment analysis,02,片段分析,SNP,片段分析,荧光标记多重,ARMS,系统,ARMS,突变阻滞扩增系统（,ARMS,amplification refractory mutation system,）,检测荧光标记片段大小,14,02 片段分析SNP片段分析荧光标记多重ARMS系统AR,02,片段分析,STR,片段分析,1 singleplex,reaction,1 multiplex,reaction,1 singleplex,reactions,荧光标记检测片段,分子量内标,15,02 片段分析STR片段分析1 singleplex1 mu,02,片段分析,Scan Number,分子量内标标准曲线,16,02 片段分析Scan Number分子量内标标准曲线16,02,片段分析,荧光标记多重,PCR,产物片段大小分析,17,02 片段分析荧光标记多重PCR产物片段大小分析17,03,等位基因分型,Allele Calling/Typing,18,03等位基因分型Allele Calling/Typing1,03,等位基因分型,DataCollection,软件记录了每个检测片段的荧光颜色，扫描时间和荧光强度,19,03 等位基因分型DataCollection软件记录了每个,03,等位基因分型,STR,片段大小分析,根据分子量标准曲线计算片段大小,20,03 等位基因分型STR片段大小分析根据分子量标准曲线计,03,等位基因分型,对应的,panel,，,bins,预置了每个位点以及等位基因的荧光颜色，理论片段大小,panel,bins,21,03 等位基因分型对应的panel，bins预置了每个位点以,根据等位基因,ladder,计算、校正当次对应的,panel,，,bins,，消除不同批次电泳误差,03,等位基因分型,22,根据等位基因ladder计算、校正当次对应的panel，bi,根据校正后的,panel,，,bins,，对样本进行等位基因分型,03,等位基因分型,23,根据校正后的panel，bins，对样本进行等位基因分型03,03,等位基因分型,对于新发现等位基因，按照相对片段长度命名等位基因,Size,Allele,121.17,16,125.44,17,123.59,？,Allele,16.2,：,比,Allele 16,大,2bp,比,Allele 17,小,2bp,16.2,24,03 等位基因分型对于新发现等位基因，按照相对片段长度命名等,03,等位基因分型,对于新发现等位基因，按照相对片段长度命名等位基因,25,03 等位基因分型对于新发现等位基因，按照相对片段长度命名等,http:/strbase.nist.gov/str_D21S11.htm,重复次数,24,26,25,03,等位基因分型,26,http:/strbase.nist.gov/str_D2,04,Q&A,27,04Q&A27,Thank You,！,28,Thank You！28,