高通量测序技术在临床应用的全面解决方案,高通量测序技术在临床应用的全面解决方案,什么是高通量测序技术,什么是高通量测序技术,目标序列捕获高通量测序技术,MLPA,、一代测序,目标序列捕获,+,高通量测序,目标序列捕获高通量测序技术MLPA、一代测序目标序列捕获+高,高通量测序技术在临床应用的全面解决方案课件,什么是单基因病,什么是单基因病,高风险群体,病因学诊断,有家族史的个体,症状前诊断,产前诊断,植入前诊断,基因组,环境,单基因病,多基因病,癌症,染色体病,线粒体病,低风险群体筛查,隐性遗传病的杂合携带者筛查,无家族史的,X,连锁隐性遗传病携带者筛查,优势,： 明确诊断 判断预后 避免创伤性检查,应用建议,：可以提前到临床初诊后，神经生化、神经病理前进行,单基因病：单个基因变异引起的疾病,，遗传符合孟德尔遗传定律,单基因病产品应用范围,不能做诊断的：,唇腭裂、银屑病、红斑狼疮,高风险群体基因组环境单基因病多基因病癌症染色体病线粒体病低风,6,单基因病（孟德尔遗传病）,-,“一个基因一个性状”,7693,种,全世界已知单基因病,7000,多种,。分子基础明确的约,4000,种,。,Online Mendelian Inheritance in Man, OMIM,单基因病单一发病率低，但种类多，全球出生人口单病累计发病率为,10/1000*,遗传病约占婴幼儿死亡原因的,20%,，儿童住院的,40%,。,单基因病（孟德尔遗传病）-“一个基因一个性状”7693全世界,7,华大有哪些单病检测产品,华大有哪些单病检测产品,8,高通量测序技术在临床应用的全面解决方案课件,单基因遗传病产品芯片一览,单基因遗传病产品芯片一览,建议检测策略,提供单基因病临床诊断全方位解决方案,根据疾病类型不同设计不同的检测方案,11,全基因组疾病,单一疾病,全外显子组疾病,一类或一个,系统疾病,一代测序或,NGS,Sanger,QPCR,Panel,单一疾病检测,Panel,疾病组合或全,Panel,检测,检测相关基因组合,临床意义明确,结果解释容易,可以发现新突变、不能发现新基因,NGS:hiseq2500,可以检测,75-85%,致病突变,对整个外显子组捕获测序,发现点突变和缺失重复,可能发现临床意义不明的突变，难以解释,发现新基因,全外显子组测序检测,NGS:hiseq2500/CG,可对所有疾病检测,结果包括大量临床意义不明突变，难以解释,科研为主，没有用于临床,可以用于,PGD,、胎儿基因组等用途,费用高，周期长,全基因组重测序,NGS:hiseq2500/CG,扩增一个性状或一个疾病的基因,检测点突变和缺失重复,发现新突变、但不能发现新基因,检测需求 检测方法 检测平台 检测优势及局限性,建议检测策略提供单基因病临床诊断全方位解决方案根据疾病类型不,主要产品介绍,主要产品介绍,12,1445,基因检测,2181,个基因，,1445,种疾病,按基因数收费,检测项目自由组合,跨系统加测,自定义科研,panel,1445基因检测2181个基因，1445种疾病按基因数收费检,智力障碍基因检测,产品,名称,检测方法,检测内容,内容描述,检测周期,产品类型,智力,障碍,基因检测,目标区域测序,已知基因,SNV,、,Indels,、,染色体水平,CNV,检测,514,个基因（,577,多种,与智力障碍相关疾病 ）,例如,Joubert,综合征，,Kabuki,综合征,等疾病相关基因,35,工作日,辅助临床诊断类产品,全基因组低覆盖度测序,染色体水平,CNV,检测染色体水平,100K,以上,CNV,例如,cri-du-chat,综合征, Jacobsen,综合征，等疾病相关,CNV,20,工作日,辅助诊断,生育指导,疑似智力障碍,儿童、青少年,有家族史或生育过患儿的,备孕夫妇,新生儿、儿童,健康筛查,检测意义,适用人群,智力障碍基因检测产品检测方法检测内容内容描述检测周期产品类型,14,矮小症基因检测产品,检测内容：,463,个基因,488,种矮小症（亚型）,矮小是儿科常见的临床表征之一，相当部分矮小是病理性，精细分子诊断意义重大。单基因突变等遗传因素是引起矮小症的最重要的因素之一，目前可以引起矮小的基因多达,400,多个（,400,多种矮小病）。,疾病大类,基因数目（个）,疾病数目（个）,代谢,53,53,内分泌,46,47,骨骼,114,124,消化,5,5,皮肤,17,17,神经肌肉,36,36,耳、鼻、喉五官,11,11,血液,19,19,免疫,6,6,其他综合征,141,153,染色体微缺失,25,17,合计,463,488,矮小症基因检测产品检测内容：矮小是儿科常见的临床表征之一，,15,检测内容,：,363,个基因对应的,497,种遗传性骨病（亚型）。,分成,41,组：软骨发育不全、成骨不全、脊椎发育不全、肢端发育不良、短肋,-,多指趾、骨硬化、,骨矿化异常、多指并指短指、骨关节病等,适用人群,有临床表现的疑似患者,有遗传性骨病家族史的人群,生育过遗传性骨病患儿的夫妇,检测名称,：,遗传性骨病基因检测,genetic testing for inherited skelatal disorders,适用人群：,遗传性骨病检测产品,辅助诊断,风险筛查,生育指导,检测内容：363个基因对应的497种遗传性骨病（亚型）。适用,16,适用人群,有临床表现的疑似患者,有遗传性肾病家族史的人群,生育过遗传性肾病患儿的夫妇,检测名称,：,遗传性肾病基因检测,genetic testing for inherited kidney diseases,检测内容,：,355,个基因对应的,464,种遗传性肾病病（亚型）。,遗传性肾病基因检测产品,疾病分类,基因数（个）,疾病数（个）,肾小球相关,22,25,肾小管、间质及代谢,98,113,内分泌相关,18,22,结构异常（囊性肾病等）,13,12,错构瘤,15,14,肾结核,10,10,肾结石,4,5,其他综合征,148,177,其它,81,86,共（个）,355,464,测试期间,检出率,：,181,例样本，,97%,（,69%,疑似）,适用人群有临床表现的疑似患者有遗传性肾病家族史的人群生育过遗,17,性发育疾病基因检测产品,检测内容：,225,种性发育疾病（亚型），,219,个基因,实现性染色体剂量分析,提示,3,种主要的微缺失微重复综合征,（46XY性反转4型/染色体9p24.3缺失综合征；,46XX,性反转,2,型,/,染色体,17q24,重复综合征；,46XX,性反转,3,型,/,染色体,Xq26,重复综合征,）,检测变异包括点突变、插入,/,缺失、拷贝数变异（外显子水平）,检测方法：芯片捕获,+,高通量测序技术,适应症：针对性腺发育异常、第二性征发育异常的患儿,产品打包：本,NGS,panel,会与,CYP21A2,基因的检测打包处理,性发育疾病（,Disorders of Sex Development, DSD,），是性决定和性分化异常的一组异质性遗传病，是由于染色体畸变或单基因突变导致的性发育遗传和内分泌途径的改变。,性发育疾病基因检测产品检测内容：225种性发育疾病（亚型）,18,单基因病,主诉相关,12,类疾病,其他,主诉无关的,偶然发现,ACMG,推荐报道,的,56,个基因,携带者筛查,临床全外显子组基因检测,可检测人类基因组中约,2,万,多个基因外显子区，其中覆盖率达到,95%,以上的基因数为,18105,个。,解读包括,OMIM,数据库中明确致病关系的,2752,个,基因，,4000,多种疾病。,包括目前所有,BGI-Panel,可检测基因的,95%,以上,单个,Proband,家系,De novo,分析,单基因病主诉相关12类疾病其他主诉无关的ACMG推荐报道携带,单基因遗传病基因检测有什么用？,单基因遗传病基因检测有什么用？,案例一,先证者：,女，半岁,临床表现：,全身皮肤重度黄染,，颜色无晦暗，其他未见异常。精神神经发育尚可，,巩膜中度黄染,，腹部稍膨隆，肝右下肋越,2.5cm,，质软；脾左肋下约,2cm,。,胆汁酸、直接胆红素、间接胆红素、总胆红素升高,；白蛋白、球蛋白降低。,血氨浓度高,。,家族史：无,拟诊：,酪氨酸血症、半乳糖血症、,citrin,缺乏症？,案例一先证者：,21,HCO,3,+NH,4,+2ATP,Carbamyl Phosphate,CPSI,氨基甲酰磷酸合成酶,N-acetylglutamate,Mitochondria,Citrulline,Citrulline,OTC,鸟氨酸氨甲酰基转移酶,Ornithine,Ornithine,鸟氨酸转移酶,SLC25A15,Arginine,Urea,ARG,精氨酸酶,N-,乙酰谷氨合成酶,NAGS,Aspartate,Argininosuccinate,Fumarate,ASL,ASS,Citrin,SLC25A13,精氨酸琥珀酸合成酶,精氨酸琥珀酸裂解酶,尿素循环障碍,Gene Panel:,ARG1,ASL,ASS1,NAGS,OTC,SLC25A13,SLC25A15,HCO3+NH4+2ATPCarbamyl Phosphat,变异位点,SNP,的筛选与分析,变异位点SNP的筛选与分析,新突变？致病突变？,IVS11+1GA,&,p.Glu252Lys,SIFT,Polyphen2,dbSNP,HGMD,LSMD,.,.,.,检索蛋白预测及疾病数据库,新突变？致病突变？IVS11+1GA & p.Glu252,高通量测序技术在临床应用的全面解决方案课件,高通量测序技术在临床应用的全面解决方案课件,高通量测序技术在临床应用的全面解决方案课件,高通量测序技术在临床应用的全面解决方案课件,位点极度保守，,p.Glu252Lys,为疑似致病突变,位点极度保守， p.Glu252Lys为疑似致病突变,IVS11+1GA,致病性如何？,IVS11+1GA致病性如何？,高通量测序技术在临床应用的全面解决方案课件,高通量测序技术在临床应用的全面解决方案课件,高通量测序技术在临床应用的全面解决方案课件,Sanger,验证及家系分析,最终确诊为,Citrin,缺乏症,基因检测可以,确定疾病和致病原因,Sanger验证及家系分析最终确诊为Citrin缺乏症 基因,案例二,案例二,DMD,背景简介,临床表现,首先影响骨盆带肌肉，以后累及肩胛带肌肉。患儿双侧腓肠肌逐渐呈假性肥大，腱反射减弱或消失。,实验室检查,血中磷酸肌酸激酶（,CK,）浓度显著增高，肌电图和肌肉活体组织检查。,分子机制,DMD,基因位于,X,染色体（,Xp21.2,），,基因全长,2.22Mb,，是人类最大的基因，包含,79,个外显子,编码区长,11,334bp,，编码,Dystrophin,蛋白，由,3,777,个氨基酸组成。,36,DMD背景简介临床表现首先影响骨盆带肌肉，以后累及肩胛带肌肉,37,DMD,基因捕获及测序,该病,突变类型,：,-,约,60%,缺失型，,- 5%-10%,由微重复所致，,- 30-35%,为点突变或框移突变，主要,散发,在整个,DMD,基因的编码区,DMD,基因外显子长度和数目很大，常规,Sanger,测序检测成本高、效率低。,华大高通量测序不仅能覆盖,79,个外显子,，,还对其中的,微重复、点突变、框移突变,都能检测。,纯合缺失型,: EX3_7del,杂合缺失型,正常女性,37DMD基因捕获及测序该病突变类型：纯合缺失型: EX3_,芯片捕获,+,测序结果,ID=indel792; status=novel; support=V64/W20; reads_ratio=76.19%; mut_type=Het; region=Gene; gene=DMD; NM_ID=NM_004006; strand_of_gene=-; wild_type=AT; flank_+15=TTTTTTTTCAATGTC; function=insertion,恰当的方法,有助于提高单基因病致病突变的检出率。,芯片捕获+测序结果ID=indel792; status=n,38,案例三,简要病史描述：,一对夫妻结婚后生育一患儿，,六岁不能行走,。,先证者主诉：,出生至今不能跑跳、独走,病史：,系,G2P1,足月剖宫产，,产时无窒息,，出生即哭声低弱，,吸吮无力,，,6,月会竖头，,2,岁以后会坐，,至今不能独走、跑跳,，,可短时独站十余秒,，,近,1-2,年有倒退,，智力正常。,体格检查：,头围,52cm,，神清，心肺腹无异常，,双上肢近端肌力,III,级，远端肌力,III+,级，双下肢肌力,IV,级,，膝腱反射、跟腱反射可引出（减弱），,跟腱挛缩，平卧不能爬起,，腓肠肌,无肥大,，,颌关节挛缩,，,牙齿咬合不全,。,患儿临床诊断：,先天性肾上腺脑白质营养不良,基因检测结果：,相关基因,ABCD1,未发生突变,。,女方再次怀孕，生育出一名,疑似患者,，主要表现为,6,个月不能抬头,。,案例三 简要病史描述：一对夫妻结婚后生育一患儿，六岁不能行走,39,心肌酶,CK 491U/L , CK-MB 28 U/L,，,LDH-L 352 U/L,，,LDH-1 79 U/L,，,AST79U/L,，肝肾功能、电解质,正常,代谢酶学检查：,酸性,-,半乳糖脑苷脂酶,GM1,己糖胺酶,A,（,Hex A,）,GM2,己糖胺酶,B,（,Hex B,）,Sandhoff,病,半乳糖脑苷脂酶,Karbbe,脑白质营养不良,-,葡糖脑苷脂酶,Gaucher Disease,-,半乳糖脑苷脂酶,Fabry Disease,酸性,-,葡萄糖苷酶,Pompe Disease,芳香硫酸酯酶,A,（,ASA,）,MLD,酸性鞘磷脂酶（,ASM,）,Niemann picks Disease,血尿代谢筛查,正常,，脂酰肉碱,正常,，,极长链脂肪酸,正常,。,辅助检查,先证者（哥哥）,:,心肌酶 CK 491U/L , CK-MB 28 U/L,40,51,头颅,MRI,提示,白质异常,，胼胝体、脑干,正常,脑电图,正常,肌电图提示,肌源性损害,51头颅MRI提示白质异常，胼胝体、脑干正常,41,其弟：,足月，剖宫产，产时无窒息，出生时家长即觉患儿吸吮无力，吃,奶慢，哭声低弱，活动少，不会蹬被子，家长自觉患儿活动少 ，,60,天可竖头但不稳，,3,月可逗笑，,6,月不能抬头,9,月不能独坐，康复治疗近,1,月觉好转。,查体：头围,40cm,，四肢肌力,IV,级，肌张力低，双侧膝反射、跟腱反射未引出，颅神经检查未见异常，仰卧拉起时可竖头，俯卧时不能竖头 。,肌酶,AST:152 U/L,，,LDH-L755 U/L,，,LDH-1 113 U/L,，,CK 5354 U/L,，,CK-MB 197 U/L,。,肌电图提示,肌源性损害,4,月时,MRI,正常，,9,月开始出现异常,家族史,其弟： 家族史,42,头颅见白质,异常,，胼胝体、脑干,正常,肌肉见腓肠肌、大腿内侧肌群,异常信号,头颅见白质异常，胼胝体、脑干正常,43,诊断思路,缺氧,自身免疫性,感染,代谢性疾病,脑血管病,肿瘤,中毒性,遗传性脑白质病,肌营养不良,肌病,肌炎,原发性,继发性,肌肉疾病,脑白质病变,诊断思路,44,45,LAMA2,：,父亲：,p.Lys682LysfsX22,c.2045_2046delAG,Sanger,验证,45 LAMA2： 父亲： p.Lys682LysfsX2,LAMA2,：,EX3Dup,？,EX5Del,？,先证者 对照,LAMA2：EX3Dup？EX5Del？先证者,46,定量,PCR,验证,EX5,存在缺失,母亲,父亲,先证者,定量PCR验证EX5存在缺失母亲父亲先证者,47,肌酶,肌电图,头颅核磁,先天性肌营养不良,1A,型,(,congenital muscular dystrophy 1A, MDC1A,),遗传方式：常染色体隐性遗传,致病基因：,LAMA2,肌酶肌电图头颅核磁先天性肌营养不良1A型(congenit,48,c.2045_2046delAG,/wt,EX5del,/wt,EX5del,/,c.2045_2046delAG,EX5del,/,c.2045_2046delAG,56,解决方案,自然怀孕,+,产前诊断,领养,供精,/,供卵,PGD,单基因,+,产前诊断,准确的临床诊断,，有利于寻找致病基因，指导下一胎生育。,c.2045_2046delAG/wt EX5del/w,49,案例四,案例四,高通量测序技术在临床应用的全面解决方案课件,高通量测序技术在临床应用的全面解决方案课件,高通量测序技术在临床应用的全面解决方案课件,2014,年,9,月,30,日，华大医学为“拇指姑娘”进行基因检测，找到了导致媛媛患病的元凶,-Costello,综合征。,2014年9月30日，华大医学为“拇指姑娘”进行基因检测，找,无独有偶,冻龄男婴 龙龙,2015,年,8,月,26,日，备受关注的深圳“冻龄男婴”（化名：龙龙）在华大基因完成检测，结果表明其患,Costello,综合征,的可能性很大。,华大基因为对龙龙的父母样本进行检测，进一步确认结果。,与媛媛不同：龙龙预后良好，发育正常,无独有偶冻龄男婴 龙龙 2015年8月26日，备受关注的深圳,高通量测序技术在临床应用的全面解决方案课件,女，,4,岁，智力运动及体格,发育正常,4,岁多时注射,流脑疫苗,，随后,精神萎靡,，,10,小时后,昏迷,，送当地医院急诊入院，生化检查显示,代谢性酸中毒,，,贫血,，,血小板减少,，,低血糖,；,4,天后,死亡,；未进行尸检及代谢分析,医疗鉴定：“,不排除疫苗不良反映,”,赔付！,女，4岁，智力运动及体格发育正常,妹妹,生后,20,天不明原因,血小板减少,发育轻度落后,1,岁,2,个月，感冒后,昏迷,，,低血糖,，,酸中毒,，,三系减少,，医生发现“,汗脚样体臭,”，怀疑代谢病,尿有机酸分析：,异戊酸显著升高,血液：,异戊酸肉碱显著增高,基因检测结果：,异戊酸尿症,IVD,基因复合杂合突变,治疗：,左卡尼汀，甘氨酸,康复出院,基因检测查找病因，可以,指导用药，改善甚至治愈。,分子伴侣疗法（,DGJ, Amigal,TM,）治疗,Fabry,病，,III,期实验已成功，,仅对部分错义突变有效，不适于活性位点突变患者,妹妹基因检测查找病因，可以指导用药，改善甚至治愈。分子伴侣疗,案例五,性别：男,年龄：,8,个月,临床表现：出生两个月开始出现,肌力低下,并,伴呼吸衰竭,，发病后使用呼吸机至今,送检日期：,2013.03.22,初步诊断：先天性肌营养不良,/,肌病,检测基因：,ACTA1, NEB, TPM3, TNNT1, RYR1, DMPK1, SEPN1, MTM1, DNM2, SMN1, MYOT, KCNA1,CLCN1,检测结果：,阴性,案例五性别：男,变异类型,计数,所有的微小突变,13981,编码区及剪切位点的微小变异,2176,同义变异,1263,已知或疑似良性的错义变异,840,临床意义未名变异,35,无义、剪切、移框及报道的错义突变,2,疑似致病错义突变,5,1445,基因芯片全分析,变异类型计数所有的微小突变13981编码区及剪切位点的微小变,高通量测序技术在临床应用的全面解决方案课件,高通量测序技术在临床应用的全面解决方案课件,对于临床疑难病例，可以通过,增大检测基因谱,，找到可疑突变，进行,反向诊断,。,对于临床疑难病例，可以通过增大检测基因谱，找到可疑突变，进行,高通量测序技术在临床应用的全面解决方案课件,高通量测序技术在临床应用的全面解决方案课件,2009,年，荣荣在某市某医院出生了，但是出生后不久,，,父母便发现,荣荣经常容易发生骨折。随着荣荣的成长，脊柱侧突、淡蓝色巩膜、,牙本质生成不全等病症也逐渐显现。种种不详冲淡了一家人迎来新,生命的喜悦。荣荣爸妈随后带着他去医院就诊，随后荣荣被诊断为,成骨不全症。而荣荣父母也有了再生一胎的打算。,2015,年,1,月，荣荣妈妈已怀孕,12,周了。在一次,B,超检查中，医生发,现胎儿骨骼异常。由于已生育一个成骨不全症的患儿，荣荣妈立马,谨慎了起来，怀疑肚子里的孩子可能也患有成骨不全症。在经过痛,苦的挣扎后，荣荣妈做了引产手术。,已生育过先证者，后续需要指导生育,常见情景一,不幸再次降临,接下来如何帮助这个家庭？,2009年，荣荣在某市某医院出生了，但是出生后不久，父母便发,66,2015,年,3,月，华大基因对荣荣妈妈引产的胎儿样本进行了成骨不全症相关的基因检测，检测结果为阳性，,在,COL1A1,基因上发现一个已知致病突变。后续的家系验证结果显示，荣荣也存在,COL1A1,基因的该已知,致病突变，结合荣荣的临床症状和相关基因检测结果，基本上可以确诊荣荣和被引产的胎儿均患有,III,型成,骨不全症。但,并未在其父母身上发现该致病突变。,荣荣父母未检出相关突变极大可能是由于荣荣父母一方存在生殖腺嵌合现象，部分生殖细胞携带了致病基,因突变，并遗传给了孩子，生育患儿的风险会明显增加。建议荣荣父母再生育时可以选择,产前诊断，,或试,管婴儿的方法进行种植前基因诊断,（,PGD,），,对下一胎针对该致病突变进行产前诊断从而避免同样悲剧的,发生。,同时，也,强烈建议父母在生育过一个患儿后，尽量查明孩子的病因后在医生的指导下备孕,，我们要用科学的,手段避免悲剧再次发生。,情景一,解决方案,DX0028,成骨发育不全,COL1A1,COL1A2,CRTAP,原因,2015年3月，华大基因对荣荣妈妈引产的胎儿样本进行了成骨,67,患儿，男,头围偏小（,小头畸形）,、智力低下,、,偏瘦，,身高正常，身体无其他畸形，无抽搐、心脏病等病史。,染色体核型分析未发现异常，,父母双方体健。,1.,具体头围情况,?,正常偏小？,2.,是否有临床相关的头部检测,MRI,是否有孕期的不良反应接触史,补充信息,疾病史：,MRI,检测显示脑小畸形，脑发育不良,孕期,B,超发现胎儿发育迟缓，比实际胎龄小,3,周,2.,母亲孕产史,：,母亲在怀孕前有,巨细胞病毒,感染，在怀孕六七个月时再次发现感染，具体治疗不详；,患儿在出生一个月后查出巨细胞病毒感染，具体治疗不详。,否认药物、辐射等不良接触史。,常见情景二,临床信息不全,患儿，男 头围偏小（小头畸形）、智力低下、偏瘦，1.具体头围,68,建议,小头畸形、智力低下可以由多种不同的因素,（环境因素、遗传因素）,造成，胎儿先天性宫内感染及围产期感染也会引起产儿畸形。常见的胎儿宫内感染,TORCH,中,C(Cytomegalo.Virus),即指的是巨细胞病毒感染，该病毒感染可引起胎儿宫内发育迟缓、小头畸形、脑室扩大等产儿畸形。,目前孕,2,个月，建议客户优先进行感染因素的分析，及时到医院进行巨细胞病毒相关的检查，遵循医嘱对腹中胎儿的感染情况进行评估。,情景二,解决方案,分析,感染、营养、用药、重金属、环境、精神因素,建议情景二解决方案分析感染、营养、用药、重金属、环境、精神因,69,单病检测报告长什么样？怎么看？,单病检测报告长什么样？怎么看？,高通量测序技术在临床应用的全面解决方案课件,高通量测序技术在临床应用的全面解决方案课件,高通量测序技术在临床应用的全面解决方案课件,高通量测序技术在临床应用的全面解决方案课件,高通量测序技术在临床应用的全面解决方案课件,分析思路,AR,AD,遗传：,检出一个杂合致病突变,AR,遗传：,检出纯合,/,复合杂合致病突变,Sanger,验证，家系验证,与临床诊断相吻合,临床确诊,特殊,（临床诊断不符）,检出基因相关的疾病,诊断的疾病 （临床医生进一步检查以确诊）,AD,表征上的重叠,c.,SOX2,c.163 CT,het,SOX2,c.163 CT,het,GALC,c.1901 CT het,c.2041GA het,GALC,c.1901 CT,het,GALC,c.2041 CT,het,报告解读思路,阳性报告,常见的解读问题,分析思路 AR AD 表征上的重叠c.,76,报告解读思路,分析思路,AD,遗传：,未检出突变,AR,遗传：,未检出突变,/,杂合,？常见疑惑：为何临床症状明显，但是基因检测为阴性？,a.,疾病的复杂性：,相关,致病因素尚未阐明,，如智力低下目前已经明确的遗传因素大约能解释,20%,的病例；,疾病诊断是否准确,（所选检测项目是否合适）,b.,技术的局限性：,某些致病基因尚,未包含,在我们的芯片里,漏检,外显子及其邻近,10bp,区域，,分析不包括,基因组结构变异（例如大片段杂合缺失、复制与倒位重排）、大片段杂合插入突变（如,ALU,介导的插入）及位于基因调节区或深度内含子区的突变；,阴性报告,报告解读思路分析思路AD遗传：未检出突变阴性报告,77,报告解读思路,分析思路,基于目前的研究结果，尚无法判定该位点的致病性，所以描述为临床意义未明。,？常见疑惑： 是否进行家系验证？,与受检者症状吻合，符合遗传模式是否可以进行产前诊断？,a.VUS,位点,不建议常规家系验证：,无法对该位点的致病性进行判定（,VUS,致病性的评估通过“功能研究实验”等）,做家系验证，只能排除致病性而不能肯定致病性,（如：,AD,，,Het,家族中正常人也检出）,b.,是否可以进行产前诊断？,临床意义未明位点不能产前诊断,，,因其致病性的不确定性，此时贸然进行产前诊断的剩余风险非常大；,产前诊断中心仅接受针对明确的致病位点进行产前诊断。,临床意义未明（,VUS,位点）,报告解读思路分析思路基于目前的研究结果，尚无法判定该位点的致,78,如何选择靠谱的基因检测服务,如何选择靠谱的基因检测服务,79,阳性率？,准确率、 精确率,全外显子组阳性率：,20%30%,全外显子组阳性率：,40%50%,精度相同、准确率相同,阳性率？准确率、 精确率全外显子组阳性率：20%30%,80,不看阳性率，看什么？,基因,panel,全不全,基因覆盖全不全,数据是否可靠,这些还不够！,不看阳性率，看什么？基因panel全不全基因覆盖全不全数据是,81,验证服务,Sanger,验证（先证者）,Sanger,验证（家系）,CNV,验证,NGS Clean Data,NGS,突变位点（,Excel,列表）,NGS,突变位点,Reads,图,Sanger,测序峰图,以硬盘,/U,盘形式寄送数据,样本出库,遗传咨询服务,P_Consulting,电话：,0755-36352001,竞争力服务,周期缩短：,4.8M 20,个工作日缩到,16,个工作日,1445 35,个工作日缩到,25,个工作日,返样服务,邮寄费用（干冰）,邮寄费用（冰袋）,验证引物序列信息,技术服务,仪器试剂信息,验证引物,+,实验条件,验证引物,+,实验条件,+,验证试剂,+,验证指导,华大服务,增值服务,验证服务遗传咨询服务P_Consultinggenomic,82,BGI,遗传咨询在线,标准化疾病信息录入与病例交流,CHPO,统一度量衡,BGI遗传咨询在线标准化疾病信息录入与病例交流CHPO统,单病产品查询网站正式上线,收录全部,184,个单病产品,因反响较好，后期加入耳聋产品,目前拥有注册用户,158,人,包括产品经理、销售、医生,可通过疾病或基因名迅速检索,省时 省力 准确 高效,单病产品查询网站正式上线收录全部184个单病产品因反响较好，,疾,病基,因搜,索工具,“疾因搜”是一款基于,华大,临床遗传病数据库而开发的,疾病,检索类应用软件，旨在,通过临床表型描述等信息,方便,快捷,地查询疾病,和基因,信息，,便,于,基因组数据的,临床解读。,主要功能特点：,1.,常规疾病信息检索,2. HPO,词条选择性输入及模糊匹配,3.,根据临床表型自动形成基因,panel,疾因搜收录了,4887,种,单基因遗传病,、关联,3520,个基因，对应,3602,种,临床症状，覆盖了所有常见的单基因遗传病。,疾病基因搜索工具“疾因搜”是一款基于华大临床遗传病数据库而开,85,高通量测序技术在临床应用的全面解决方案课件,86,高通量测序技术在临床应用的全面解决方案课件,87,疾因搜实战举例,疾因搜实战举例,88,高通量测序技术在临床应用的全面解决方案课件,89,实战举例,2,实战举例2,90,两个孩子的病例资料,两个孩子的病例资料,91,关键症状,低血糖,抽搐（癫痫）,高乳酸血症（乳酸酸中毒）,呼吸窘迫,代谢无异常,关键症状低血糖,92,高通量测序技术在临床应用的全面解决方案课件,93,高通量测序技术在临床应用的全面解决方案课件,94,高通量测序技术在临床应用的全面解决方案课件,95,高通量测序技术在临床应用的全面解决方案课件,96,高通量测序技术在临床应用的全面解决方案课件,97,外显子缺失,错义突变,致病基因,ALDH7A1,突变所导致的疾病正是：,吡哆醇依赖性癫痫！,外显子缺失错义突变致病基因ALDH7A1突变所导致的疾病正是,98,疾因搜多少钱？怎么用？,疾因搜多少钱？怎么用？,99,完全免费！,安卓用户：,进入网址, panel,1635,个,工作日,全外显子：,50,个,工作日,单基因病诊断流程受检者医院进行访谈医生推荐进行基因检测医生指,强大的遗传咨询团队,拥有遗传咨询师,9,名，助理遗传咨询师,5,名。,已处理遗传咨询,800+,起。,月咨询能力达,100,例 。,祁鸣教授,，,博士生导师,华大医学首席遗传咨询师,美国匹兹堡大学分子生物学博士学位,1999,年获美国临床分子遗传学和基因组学执业资格,浙江大学附属第一医院遗传与基因组医学中心任主任,美国罗彻斯特大学病理与检验系兼职教授,王一鸣教授,，,博士生导师,华大医学高年资医学遗传学顾问,中山大学医学遗传学教研室教授,英国伦敦大学医学博士学位,获,职业医师执照，母婴保健执照,英国、美国人类遗传学会会员,领军人物,强大的遗传咨询团队拥有遗传咨询师9名，助理遗传咨询师5名。祁,102,严格规范的实验流程,智力障碍产品检测,实验室质量管理体系,ISO9001,ISO15189,ISO14001,ISO180001,ISO27001,严格规范的实验流程智力障碍产品检测实验室质量管理体系,103,高通量测序技术在临床应用的全面解决方案课件,信息分析,-,基于云计算的,NGS,数据分析流程,Gaeaa Hadoop-based Pipeline for Resequencing Data Analysis,Gaea was awarded the “HPC Innovation Excellence Awards” prize at the 2012 International Supercomputing Conference (ISC12),Gaea was awarded the “Best Practice Award for IT Infrastructure” prize at Bio-IT World 2012 conference,信息分析-基于云计算的NGS数据分析流程Gaeaa Had,105,信息分析流程,Raw Data,Clean Data,测序质量评估,变异注释,信息分析流程Raw DataClean Data测序质量评估,106,高通量测序技术在临床应用的全面解决方案课件,报告自动化报告解读平台（待上线）,Knowledge,Base,Genome Repository,Phenotypic,Context,Institution,Information Systems,Annotation Sources,Sequencing Data,Researcher Network,Bioinformatics,报告自动化报告解读平台（待上线）KnowledgeGenom,108,公共、自主、商业数据库,正常人群遗传多态性数据库,dbSNP,频率信息,Hapmap,频率信息,千人基因组计划频率信息,1000+,个正常人频率信息,Newly,reported,遗传性疾病突变数据库,BGI,临床阳性样本突变数据库,公共、自主、商业数据库正常人群遗传多态性数据库dbSNP 频,专业的报告解读,显性病频率小于发病率，隐性病无纯合记载,CNV,深度覆盖度图确认,多个样本重复出现,CNV,的过滤,SNP+Indel,HGMD,数据库,DM,标记,文献和支持证据汇总,非,DM,标记,频率过滤,（公众数据库,0.05,，本地数据库,0.02,）,Missense,Splice,Frameshift,Nonsense,Splice2,是否有该类型的已知致病突变被报道,10bp,以内，新突变，对照人群无；功能预测,50%,支持致病,整理支持信息,撰写报告,Q-PCR,验证,公共数据库频率,cnvmap,文件区段内同批次样本拷贝数比对,是否和主诉相关,Reads,图核查,是否满足遗传模式,Sanger,验证,有害性预测,Panel,频率过滤,注释结果,已知致病,疑似致病,可能有害,专业的报告解读显性病频率小于发病率，隐性病无纯合记载CNV深,解读规则（根据,ACMG,建议,),定义,数据库、文献无报道的突变,已报道突变,报道为致病突变,报道未明,报道良性,突变类型,missense, inframe,nonsense ,frameshift, splice,missense, inframe,nonsense, frameshift, splice,已知致病突变,MAF,小于发病率且满足以下条件,该突变,=2,次被报道为有害突变，且没有反对证据存在；或者，该突变至少,1,次被报道为有害，且有证据支持。,多次报道显示该基因的功能丢失（,loss of function,）突变是有害的，且没有反对证据存在,疑似致病突变,MAF,小于发病率且满足以下条件,符合基因疾病遗传模式、家系共分离，且与患者表型相符，（蛋白预测有害）,1,次研究报道为有害突变，但没有证据支持；,意义未明,变异,MAF,小于发病率且满足以下条件,未报道的突变,无功能缺失型突变被报道为致病突变或与家族史矛盾,有,1,例报道致病，但同时有,1,反对证据；或有多个报道致病，但同时又有多个反对证据。,单次被报道为意义未明突变,疑似良性,突变人群频率大于等于发病率且满足以下条件,单次报道为有害突变，但是多个证据反对其有害,单次被报道为良性突变，但是没有证据支持其为良性。,良性多态,MAF 0.05 for,显性 ；或者,0.1 for,隐性,多个证据反对有害,多次被报道为良性，但是没有证据支持良性；或者，单次报道为良性，且有证据支持良性,解读规则（根据ACMG建议)定义数据库、文献无报道的突变已报,111,科研与临床相结合的成果,发表了,95,篇单基因病相关论文，找到,82,个新基因,2015,年,26,篇,（,82,篇,SCI,1,篇,CNNS,）,科研与临床相结合的成果发表了95篇单基因病相关论文，找到82,112,高通量测序技术在临床应用的全面解决方案课件,2016,年,5,月,5,日统计结果：总计发表论文,1640,篇,，总引,82745,次,，,CNNS,文章共计,226,篇,。,2016年5月5日统计结果：总计发表论文1640篇，总引82,高通量测序技术在临床应用的全面解决方案课件,高通量测序技术在临床应用的全面解决方案课件,高通量测序技术在临床应用的全面解决方案课件,