单击此处编辑母版标题样式,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,*,*,单核苷酸多态与人类疾病,SNPs In Human Diseases,1,单核苷酸多态与人类疾病SNPs In Human Dise,回顾理论课内容,单核苷酸多态性及相关概念,常用的,SNP,分型技术,基于,SNP,的复杂疾病遗传定位方法,1,2,重要的,SNP,数据库资源,3,4,2,回顾理论课内容单核苷酸多态性及相关概念常用的SNP分型技术基,3,实习课内容,1.,利用,HapMart,网络平台提取中国汉族人群基因,IL8,上的,SNP,，并列出这些,SNP,各自所处的功能区域,2.,试结合第一章中对,NCBI,等重要的序列数据资源知识介绍，选取适当的限制性片段长度多态性方法用于,IL8,基因上,SNP,分型的内切酶,3实习课内容1.利用HapMart网络平台提取中国汉族人群,4,实习课内容,3.,从本章给出的,Haploview,网络地址下载并安装最新的,Haploview,软件版本，研究一下可以输入的数据格式,4.,在,Haploview,中导入,Hapmap,格式,IL8,基因上的,SNP,基因型，从中提取能覆盖整个基因的最少量的,TagSNP,4实习课内容3.从本章给出的Haploview网络地址下载,5,为了培养大家独立操作的能力，老师给大家演示例子时用,IL10,基因，大家做习题的时候用,IL8,基因！,5 为了培养大家独立操作的能力，老师给大家演示例子时用,6,1.,利用,HapMart,网络平台提取中国汉族人群基因,IL10,上的,SNP,，并列出这些,SNP,各自所处的功能区域,实习题,1,hapmap.ncbi.nlm.nih.gov/,（,1,）开打网页,61.利用HapMart网络平台提取中国汉族人群基因IL1,（,2,）输入设置：选择,CHB,、,在,GENE FILTERS,框中输入,IL10,7,（2）输入设置：选择CHB、7,（,3,）输出设置：选择感兴趣的输出信息,8,（3）输出设置：选择感兴趣的输出信息8,3.,结果导出：以界面和文件形式输出限定条件下,IL10,上的,SNP,位置、基因型、群体频率等信息,9,3.结果导出：以界面和文件形式输出限定条件下IL10上的S,10,实习题,2,2.,试结合第一章中对,NCBI,等重要的序列数据资源知识介绍，选取适当的限制性片段长度多态性方法用于,IL8,基因上,SNP,分型的内切酶,10实习题22.试结合第一章中对NCBI等重要的序列数据资,限制性内切酶（,restriction enzyme,），能识别,双链,DNA,中的特定碱基序列,，并,切割,双链,DNA,的核酸酶。常用于重组,DNA,技术的一类限制酶的识别位点为,回文对称结构,，它们的结合和切割都在这一特定的对称结构内,11,同一物种不同个体的,DNA,分子，用同一种限制性内切酶完全酶切后，出现分子量不同的同源等位基因片段，称为限制性片段长度多态性,（,restriction fragment length polymorphism,，,RFLP,）,限制性内切酶（restriction enzyme），能识别,内切酶酶切示例,BbuI,GCATGC,CGTACG,GCATG,C,3,端突出,NotI,GCGGCCGC,CGCCGGCG,GC,CGCCGG,5,端突出,HpaI,GTTAAC,CAATTG,GTT,AAC,CAA,TTG,平末端,名称,识别位点,切割后分子,末端类型,5,5,5,5,5,5,3,3,3,3,3,3,粘,性,末,端,12,内切酶酶切示例BbuI GCATGCGCATG3端突出N,13,TT,TC,CC,249 bp,254 bp,503 bp,电泳图模拟,13TTTCCC249 bp254 bp503 bp电泳图模,14,14,优点：,1.,方法简单；,2.,容易操作；,3.,经费要求不高,缺点：,1.,样品纯度要求较高和用量大；,2.,过分依赖于限制性内切酶的种类和数量；,3.,分析步骤繁琐、工作量大；,4.,分型容易出错、通量较小,RFLP,方法优缺点,15,优点：缺点：RFLP方法优缺点15,16,asia.ensembl.org/index.html,直接以,IL8,为例演示,16asia.ensembl.org/inde,17,17,18,18,19,19,20,20,21,选取一个要,研究的区域,21选取一个要,22,利用软件分析该区域的限制性内切酶位点,22利用软件分析该区域的限制性内切酶位点,23,设计引物,PCR,扩增目的片段,EcoRI,酶切,聚丙烯酰胺凝胶检测,23设计引物PCR扩增目的片段EcoRI酶切聚丙烯酰胺凝胶检,24,C,等位,EcoRI,不能识别,24C 等位EcoRI,25,T,等位,EcoRI,切割,25T 等位EcoRI,26,实习题,3,3.,从本章给出的,Haploview,网络地址下载并安装最新的,Haploview,软件版本，研究一下可以输入的数据格式,www.broad.mit.edu/mpg/Haploview/index.php,26实习题33.从本章给出的Haploview网络地址下载,27,实习题,4,4.,在,Haploview,中导入,Hapmap,格式,IL10,基因上的,SNP,基因型，从中提取能覆盖整个基因的最少量的,TagSNP,27实习题44.在Haploview中导入Hapmap格式,28,hapmap.ncbi.nlm.nih.gov/,28hapmap.ncbi.nlm.nih.g,Haploview,软件直接分析基因的,tagSNP,IL10:Chr1,205,007,571-205,012,462,Chr1,205007 kb-205,012 kb,29,Haploview软件直接分析基因的tagSNPIL10:,在,Haploview,软件界面输入相应信息,30,在Haploview软件界面输入相应信息30,31,31,依据连锁不平衡（,LD,），基因内,block,情况,32,依据连锁不平衡（LD），基因内block情况32,Tagger:,寻找基因内的,tagSNP,33,Tagger:寻找基因内的tagSNP33,tagSNP,34,tagSNP34,35,www.ncbi.nlm.nih.gov/,大家要是有时间的话，可以尝试在,dbSNP,数据库中进行,SNP,检索,dbSNP,数据库检索,SNP,35www.ncbi.nlm.nih.gov/,结果显示，点击,GeneView,输入查询,36,结果显示，点击 GeneView输入查询36,选,in gene region,显示,IL10,内所有的,SNP,；,选,cSNP,显示编码区域的,SNP,37,选in gene region,显示IL10内所有的SNP,注意：,dbSNP,数据库中,SNP,数量很大，有的没有经过验证，研究时仅作参考,想想,red,、,green,区域的区别？,38,注意：想想red、green区域的区别？38,rs12276917,missense,Val Ile,39,rs12276917,missense,Val Il,思考题,结合本章的介绍和前几章的知识，设计一个基于,SNP,的通路与疾病相关性的实验设计，并分析其可行性,40,思考题 结合本章的介绍和前几章的知识，设计一个基于SN,THANKS,！,41,THANKS！41,