单击此处编辑母版标题样式,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,TCGA,数据库介绍专题,上海尔云,-,云生信团队,2015.9.20,http:/,/,TCGA数据库介绍专题上海尔云-云生信团队http:/ww,1.,前言,2.,数据产生历程,5.,目前已有的癌症种类,3.barcode,4.Data types and data levels,6.,数据下载解读,目录,1.前言2.数据产生历程5.目前已有的癌症种类3.b,前言,01,http:/,/,前言01http:/www.biocloudservice,TCGA-the Cancer genome ATLAS,cancer,Genome,Transcriptome,Clinic,Epigenome,Proteome,TCGA-the Cancer genome ATLASc,癌症种类丰富，样本量大,34 kinds of cancer,325 samples on average,癌症种类丰富，样本量大,TCGA癌症数据库介绍专题知识讲解课件,http:/cancergenome.nih.gov/,http:/cancergenome.nih.gov/,数据产生历程,02,http:/,/,数据产生历程02http:/www.biocloudser,TCGA数据的产生历程：,1.组织样本和临床数据来源网站(TSS)收集的数据发送到Biospecimen核心资源(BCRs)。,2.BCRs提交临床数据和元数据到数据协调中心(DCC)和测序中心(GSCs),获取组织变异数据,然后提交给DCC。,3.GSCs提交跟踪文件,序列比对后文件到癌症基因组学中心(CGHub)。,4.提交给DCC和CGHub的数据可供研究团队和基因组数据分析中心(GDACs)使用。,5.分析pipeline以及由GDACs产生的数据结果通过DCC保存到研究社区（community）中。,http:/,cancergenome.nih.gov/abouttcga/overview,TCGA数据的产生历程：http:/cancergenom,barcode,解读,03,http:/,/,barcode解读03http:/www.biocloud,详细请见：,https,:/wiki.nci.nih.gov/display/TCGA/TCGA+barcode,详细请见：https:/wiki.nci.nih.gov/,DaTA TYPES AND LEVELS,04,http:/,/,DaTA TYPES AND LEVELS04http:/,DATA TYPES,DATA TYPES,Data Level,Level Type,Description,1,Raw,Low-level data for single sample,单个样本的低级数据,Not normalized,未标准化,2,Processed,Normalized single sample data,标准化的单个样本,Interpreted for presence or absence of specific molecular abnormalities,解释异常的个体,3,Segmented/Interpreted,Aggregate of processed data from single sample,单个样本整合在了一起,Grouped by probed loci to form larger contiguous regions(in some cases),根据probe的位置分组,4,Summary/Regions of Interest(ROI),Quantified association across classes of samples,量化关联类的样本,Associations based on two or more,两个或多个的关联,Molecular abnormalities,分子水平的异常,Sample characteristics,样本特性,Clinical variables,临床变异,DATA LEVLES,Data LevelLevel TypeDescriptio,注意：,低水平的测序数据存储在,CGHub,https,:/cghub.ucsc.edu,/,申请下载时需要,DUNS number,.,The,Cancer Genomics Hub(CGHub)is a secure repository for storing,cataloging,and accessing cancer genome sequences,alignments,and mutation information from the Cancer Genome Atlas(TCGA)consortium and related projects.,注意：,目前已有的癌症种类,05,目前已有的癌症种类05,癌症种类丰富，样本量大,34 kinds of cancer,325 samples on average,癌症种类丰富，样本量大,详细见：,TCGA publication guid,e,line,http:/cancergenome.nih.gov/publications/publicationguidelines,详细见：,数据下载及解读,06,http:/,/,数据下载及解读06http:/www.biocloudse,TCGA癌症数据库介绍专题知识讲解课件,TCGA癌症数据库介绍专题知识讲解课件,TCGA癌症数据库介绍专题知识讲解课件,最简单的方法：,https:/tcga-data.nci.nih.gov/tcga/tcgaHome2.jsp,最简单的方法：https:/tcga-data.nci.,TCGA癌症数据库介绍专题知识讲解课件,TCGA癌症数据库介绍专题知识讲解课件,第,1,封邮件通知下载申请已经提交,第,2,封给出下载链接,Step4,第1封邮件通知下载申请已经提交第2封给出下载链接Step4,Step 4,文件内容,File_manifest.txt,，对所下载文件的说明,Step 4 文件内容File_manifest.txt，对,临床数据解读,CDE,：,Common Data,Elements,https:/tcga-data.nci.nih.gov/docs/dictionary/,临床数据解读CDE：Common Data Element,THANKS,http:/,/,THANKShttp:/www.biocloudservi,此课件下载可自行编辑修改，仅供参考！,感谢您的支持，我们努力做得更好！谢谢,此课件下载可自行编辑修改，仅供参考！,