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单击此处编辑母版标题样式,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,2015/9/13,#,基于结构的虚拟筛选,与,Maestro,的使用,朱孔凯,2015-7-22,药物发现面临的挑战,化学空间,10,20,类,药化合物,生物,空间,10,4,10,5,蛋白,药物发现,先导化合物,药靶,正确的小分子,+,正确的药靶,高通量筛选,VS,虚拟筛选,优点:可进行大规模(上百万分子)筛选。,缺点:费钱;有些体系不适合;命中率低。,晶体结构,已知,未,知,基于配体的方法,基于结构的方法,分子对接,已有活性化合物,相似性搜索,药效团模型,机器学习,没有活性化合物,常用的分子对接程序,有,DOCK,,,AutoDOCK,,,Glide,,,Gold,等。,Maestro,登陆:,(,Putty,、,Xshell,),Maestro,i,s the graphical user interface(,GUI,),for all Schrdinger software.,Prime-,蛋白质,结构,预测;,Glide-,配体,-,受体,分子,对接;,Liaison-,预测,结合与亲和力,;,Qsite,-,研究,蛋白质活性区域内的反应,机制,(QM/MM),;,Phase-,作,基于配体的药效,建模;,QikProp-,用于,候选,药物的,ADME,性状,预测,;,LigPrep-,用于小分子配体的准备,;,Epik-,对,生物环境中的配体质子化状态做精确,枚举;,Jaguar-,高性能,初始量子力学,组件,;,MacroModel-,应用于材料,及,生命,科学,等的,化学,研究;,Strike-,用于,检查组织性能关系的化学方法统计,程序;,分子对接,(Glide),蛋白准备,Workflows Protein Preparation Wizard,加氢原子,删除水和杂原子基团等,然后简单优化一下蛋白。,生成网格文件,Applications Glide Receptor Grid Generation,定义小分子对接的区域,并生成网格文件。,分子对接,Applications Glide Ligand Docking,把准备好的小分子对接到定义好的网格文件中。,小分子,准备,Applications,LigPrep,优化小分子结构,预测其质子化状态,生成立体异构体,。,小分子,准备,Applications,LigPrep,优化小分子结构,预测其质子化状态,生成立体异构体,。,蛋白准备,Workflows Protein Preparation Wizard,加氢原子,删除水和杂原子基团等,然后简单优化一下蛋白。,生成网格文件,Applications Glide Receptor Grid Generation,定义小分子对接的区域,并生成网格文件。,分子对接,Applications Glide Ligand Docking,把准备好的小分子对接到定义好的网格文件中。,分析对接结果,Applications Glide XP visualizer,导出来用,Pymol,看,谢谢,!,
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