第十三章 微生物的分类,微生物的分类ppt,微生物的分类ppt,第1页,微生物分类和判定,定义：,按微生物亲缘把它们安排成条理清楚各种分类单元或分类群科学。,任务：,分类、判定、命名,微生物的分类ppt,第2页,第一节通用分类单元,种以上系统分类单元,界,Kingdom,门,Phylum,（或,Division,）,亚门,纲,Class,亚纲,超目,目,Order,亚目,科,Family,亚科,族,亚族,属,Genus,种,Species,微生物的分类ppt,第3页,一、种概念,定义：,种是一个基础分类单位，是一大群表型特征高度相同、亲缘关系极其靠近、与同属内其它种有显著差异菌株总称。在微生物中，一个种只能用该种内一个经典菌株作为详细标本，它就是该种模式种。,新种：,sp.nov.,或,nov.sp.,，新被判定种发表时应在其学名后标上,sp.nov.,符号，新种发表前应将其模式菌株培养物存放在一个永久性保藏机构，并应允许大家从中取得。,微生物的分类ppt,第4页,二、微生物学名,命名：,菌种科学名称。菌种学名是按照,国际细菌命名法规,命名国际学术界公认，并通用名称。,命名标准：,学名,=,属名,+,种加词,+,（首次定名人）,+,现名定名人和鲜明定名年份,要求与常识：,属名应大写首字母、单数、能够组合外而成。种加词代表一个种次要特征，首字小写,微生物的分类ppt,第5页,三、亚种以下分类单元,亚种（,subspeciers,）：,种深入细分，普通指其某一民而稳定特征与模式中不一样种常在种名、署名加词后写上,subsp.,然后再写详细亚种加词；,变种（,variety,）：,轻易引发混乱；,型（,form,）：,使用中用型作为后缀；表示细菌菌株，现已作废；,类群（,group,）：,没有分类地位非正式地指定一组含有一些共同性状生物；,菌株（,strain,）：,表示任何由一个独立分离单细胞繁殖而成纯种群体极其一切后代；实际上是一个微生物到达遗传性纯标志。,小种（,race,）：,涵义较乱，在不一样分支学科中由不一样涵义；,相（,phase,）：,自然界存在微生物交互变异一定阶段；,态（,state,）：,通常指微生物菌落变异状态。,微生物的分类ppt,第6页,四、微生物分类与命名,（一）微生物分类单位,界、门、纲、目、科、属、种,种是最基础分类单位,每一分类单位之后可有亚门、亚纲、亚目、亚科,.,以,啤酒酵母,为例，它在分类学上地位是：,界,(Kindom),：真菌界,门,(Phyllum),：真菌门,纲,(Class),：子囊菌纲,目,(Order),：内孢霉目,科,(Family),：内孢霉科,属,(Genus),：酵母属,种,(Species),：啤酒酵母,微生物的分类ppt,第7页,1.,种,（,species）,：,是一个基础分类单位；是一大群,表型,特征高度相同、亲缘关系极其靠近，与同属内其它种有显著差异菌株总称。,菌株（,strain,）,:,表示任何由,一,个独立分离单细胞繁殖而成纯种群体及其一切后代（起源于共同祖先并保持祖先特征一组纯种后代菌群）。所以，一,种微生物不一样起源纯培养物,均可称为该菌种一个菌株,。,菌株强调是遗传型纯谱系。,比如：大肠埃希氏杆菌两个菌株：,Escherichia coli,B,和,Escherichia coli,K12,菌株表示法：,假如说种是分类学上基础单位，那末菌株实际上是应用基础单位，因为同一菌种不一样菌株在产酶上种类或代谢物产量上会有很大不一样和差异！,微生物分类单位,-1,微生物的分类ppt,第8页,亚种,(,subspecies,）或变种,(variety),：,为种内再分类。,当某一个种内不一样菌株存在少数显著而稳定变异,特征,或遗传形状，而又不足以区分成新种时，能够将这些菌株细分成两个或更多小分类单元,亚种。,变种是亚种同义词，因“变种”一词易引发词义上混同，从,1976,年后，不在使用变种一词。通常把试验室中所取得变异型菌株，称之为亚种。,如：,E.coli k12,（野生型）是不需要特殊,aa,，而试验室变异后，可从,k12,取得某,aa,缺点型，此即称为,E.coli k12,亚种。,型,(,form):,常指亚种以下细分。当同种或同亚种内不一样菌株之间性状差异不足以分为新亚种时，能够细分为不一样型。,比如,：,按抗原特征差异分为不一样,血清型,；,微生物分类单位,-2,微生物的分类ppt,第9页,（二）微生物命名,微生物名字有,俗名,和,学名,两种。如：,红色面包霉,粗糙脉孢霉,绿脓杆菌,铜绿假单胞菌,学名,是微生物科学名称，它是按照相关微生物分类国际委员会确定法则命名。学名由拉丁词、或拉丁化外来词组成。学名命名有双名法和三名法两种。,双名法：,学名,=,属名,+,种名,+,（首次定名人）,+,现定名人,+,定名年份,必要，用斜体表示,可省略，用正体字,属名：,拉丁文名词或用作名词形容词，单数，首字母大写，表示微生物主要特征，由微生物结构，形状或由科学家命名。,种名：,拉丁文形容词，字首小写，为微生物次要特征，如微生物色素、形状、起源或科学家姓名等,。,微生物的分类ppt,第10页,例：,大肠埃希氏杆菌,Escherichia coli,（Migula）Castellani et Chalmers 1919,金黄色葡萄球菌,Staphylococcus aureus,Rosenbach 1884,当泛指某一属微生物，而不特指该属中某一个（或未定种名）时，可在属名后加,sp.,或,ssp.,（分别代表,species,缩写单数和复数形式）,比如：,Saccharomyces sp.,表示酵母菌属中一个种。,（二）微生物命名（续）,微生物的分类ppt,第11页,菌株名称,在种名后面自行加上数字、地名或符号等，如：,Bacillus subtilis,AS1.389 AS=Academia Sinica,Bacillus subtilis,BF7658 BF=,北纺,Clostridium acetobutylicum,ATCC824,丙酮丁醇梭菌,ATCC,American Type Culture Collection,美国模式菌种保藏中心,当文章中前面已出现,过某,学名时，后面,可将其属名缩写成,13,个字母。,如,：,Escherichia coli,可缩写成,E.coli,Staphylococcus aureus,可缩写成,S.aureus,三名法,：用于对,亚种命名，这时,在属和种名后加写一个,subsp.,，然后再附上亚种名称（斜排体）。,如：,Bacillus thuringiensis,subsp.,galleria,苏云金芽孢杆菌腊螟亚种,（二）微生物命名（续）,微生物的分类ppt,第12页,第二节微生物在自然界地位,生物界级分类学说：是在认识发展过程中存在对生物分类不一样阶段不一样观点。,如：二界系统、三界系统、四界系统、五界系统、六界系统和三原界系统,三原界系统是,1978,年由,R.H.Whittaker,和,L.Margulis,提出。,全部生物存在一个共同祖先，由它分三条进化路线，就形成了三个原界：古细菌原界（,Archaebacter,）、真细菌原界、真核生物原界,提出了内共生学说，主要是,Margulis,贡献,微生物的分类ppt,第13页,一、三原界系统示意图,微生物的分类ppt,第14页,第三节各大类微生物分类系统纲要,原核生物分类系统纲要,伯杰氏系统细菌学手册,真菌界分类系统很多，各国采取不一样系统，比较混乱。多年来为较多人接收是,Ainsworth,纲要。,微生物的分类ppt,第15页,第四节微生物判定,主要步骤：,纯化、测定一系列必要指标、查找权威性判定手册,判定技术不一样水平：,细胞形态和习性：形态特征、运动、酶反应、营养要求及生长条件等,细胞组分水平：细胞壁成份、氨基酸库、脂类、醌类、光合色素等分析,蛋白质水平：氨基酸序列分析、凝胶电泳和血清学反应等,基因或,DNA,水平：核酸分子杂交、（,G+C,）,mol%,、转化和转导、,16SrRNA,寡核苷酸族分分析、,DNA,或,RNA,核苷酸序列分析等,微生物的分类ppt,第16页,一、数值分类法,即统计分类法：,在,200,年前,M.Adanson,（,17271806,，法国植物学家）发表分类原理基础上结合当代计算机技术发展而来。,主要观点：,在一个分类群中，其所含信息量越大，即分类所依据性状越多，其分类效果也越好；,次序建立自然分类单元时，每个性状都是等权；,任何两分类实体间整体相同性，都是由每一正确相同性计算而来；能够由类群间相同性差异识别不一样分类实体；,假如给予相关进化路径和机制一些假定，能够从组群分类学结构或从性状相关上作出种系发生推论；,分类学应作为一门经验科学来对待和实践；,数值分类学是以表象相同性为基础。,微生物的分类ppt,第17页,